※この記事にはドラマのストーリーに関する内容が含まれています。
「医師ヨハン」がハッピーエンドで終わった。3年ぶりに再会したチソンとイ・セヨンは、互いに対する愛を再確認し、熱いキスを交わした。

7日に韓国で放送されたSBS金土ドラマ「医師ヨハン」最終話では、チャ・ヨハン（チソン）とカン・シヨン（イ・セヨン）が結局、愛の実を結ぶ姿が描かれた。

カン・シヨンは、チャ・ヨハンのバイタルチェックのため、メールボックスを確認した。しかし、ヨハンのメールはなかった。シヨンは心配で電話をかけたが、ヨハンは出なかった。

シヨンは結局、アメリカへ行くことを決心した。飛行機に乗る前に、シヨンはヨハンに電話をかけた。電話は、ヨハンではなく、同僚のスミスが出た。スミスは、シヨンに「チャ・ヨハンが重要なプロジェクトを進めている」と伝えた。

しかし、嘘だった。ヨハンは、病床の世話になっていた。あれから6ヶ月が経って、また3年が過ぎた。ヨハンの連絡は一切なかった。シヨンは、研究成果と関連した記事で、ヨハンの消息を時々確認するだけだった。

いつのまにか、シヨンはフェロー1年目になった。この時、ヨハンが病院を訪れた。ヨハンはシヨンに近づき、挨拶した。会話の途中、シヨンはヨハンが入国から1年が過ぎたが、自分に連絡をしていないことを知った。

シヨンは、ヨハンとの連絡が途絶えた当時、PCP（ニューモシスチス肺炎）で死境をさまよっていたことを知った。シヨンは「韓国に来てから1年にもなったのに、どうして連絡を一度もくれなかったの？」と言い、ヨハンに対する残念な気持ちを示した。

シヨンは涙を流しながら、ヨハンを追及した。ヨハンはシヨンに「3年間、そのどれも確信できなかった。自分の健康、僕に残った時間。ただ一つ確信した。君と僕が簡単に終わる関係ではないという信念。繰り返したくなかった。僕が元気になって、君にも確信を与えることができる時、帰って来たかった。ごめんね。シヨン」と謝った。

一方、ある患者は激しい腹痛を訴え、急に正常に戻る症状を見せた。医師たちは原因の分からない症状に難色を示した。イ・ユジュン（ファンヒ）は、ヨハンに助言を頼んだ。

ヨハンは、シヨンに24時間脳波検査を実施することを提案した。ヨハンは、該当患者の病を腹性てんかんと推定した。シヨンは同僚たちにヨハンの指示を伝え、直ちに患者に検査を行った。

この日の夜、痛症医学科はヨハンと一緒に会食をした。ヨハンは適度にお酒を飲んだ後、席を外した。その後、ユジュンはヨハンと以前から連絡していたことを明かした後、「1年間、チャ・ヨハン先生を見守っていた」と伝えた。

シヨンは急いで駆け出し、ヨハンを探した。この時、ヨハンがシヨンの手を取った。二人は再会の抱擁をした。シヨンは涙を流しながら「忘れることができなかった。教授のような人はどこにもいなかった。もう行かないで、私のそばに必ずついてほしい」と話した。ヨハンは「これからそうするつもりだ。シヨン、愛してる」と答えた。二人はキスで愛を再確認した。

ミン・テギョン（キム・ヘウン）とヨハンも会った。テギョンはヨハンに痛症医学科を引き受けてほしいと頼んだ。しかし、ヨハンは「僕がセンターにいる理由はない」と提案を断った。ヨハンは、治癒医院で勤めていた。

痛症医学科の人たちは、ヨハンが勤めている病院をボランティア活動のために訪れた。ヨハンとシヨンは、同僚たちが見ている前で手を握り、病院に歩いて入りながら愛情を示した。